Il toponimo deriva dal termine latino Limes, che significa ‘confine', con riferimento probabilmente ai confini costituiti dal fiume Brenta. Citata per la prima volta in un documento del 918, ricoprì in passato un'importante posizione dal punto di vista strategico-commerciale: trovandosi, infatti, vicino al Brenta, conobbe un fiorente commercio fluviale, soprattutto del legname. Nel XVI secolo fu teatro di lotte tra l'esercito di Massimiliano d'Austria e le truppe della repubblica di Venezia, ma con l'arrivo del governo della Serenissima visse un lungo periodo di pace e benessere; fu coinvolta, infine, anch'essa, nelle guerre d'indipendenza. Gli elementi di maggior spicco nel patrimonio storico-architettonico appartengono all'architettura civile: Villa Ramina è una grandiosa costruzione eretta nei pressi del Brenta; vi è, poi, il Palazzo Fini, e, tra i vecchi e magnifici casolari veneti, la Cascina Caòn.

Evolutasi, soprattutto nel secondo dopoguerra, da paese ad eminente vocazione agricola a centro di produzione prevalentemente industriale[6], la località mostra — urbanisticamente parlando — una ricca presenza di uno sviluppo industriale. Per decenni è stata afflitta da un traffico (specialmente di veicoli industriali) letteralmente asfissiante, causato dall'inesistenza di un collegamento autostradale diretto tra Padova e l'asse Trento-Bolzano (ragione che tuttora obbliga a servirsi dell'ex Statale Valsugana). Oggi però la situazione è nettamente migliorata, grazie all'apertura (nel 2005) di una nuova tangenziale che esclude l'attraversamento dell'abitato da parte dei TIR.

Di conseguenza Limena sta vivendo una sorta di rinascita che la sta conducendo sempre di più sul terreno del settore terziario, sia per quanto riguarda le attività di produzione di ricchezza più tipiche (quasi tutti i concessionari di automobili patavini si sono trasferiti a Limena, solo per fare un esempio), sia pure per quanto attiene al comparto dell'intrattenimento (ospita un cinema multisala fra i maggiori d'Italia) e dell'accoglienza turistica in senso ampio (apertura nelle immediate adiacenze di hotel muniti di ampie e moderne sale congressi).

La drastica attenuazione della morsa del traffico e la conseguente riduzione del tasso di inquinamento, i progetti di varie opere che miglioreranno la qualità della vita (come nuovi parchi e piazze, oltre alla costruzione di nuove case e nuovi quartieri entro i confini comunali) e l'esigua distanza intercorrente con il capoluogo di provincia (Limena infatti è uno dei primi comuni che si incontrano uscendo da Padova), potrebbero indurre un numero sempre maggiore di individui o famiglie a stabilirsi nel comune.