Sopravvivono oggi queste porte della cinta bastionata cinquecentesca: Liviana (o di Pontecorvo), Santa Croce, San Giovanni, Savonarola e Ognissanti (o del Portello) e la porta d’acqua del Castelnuovo; mentre sono state demolite, rispettivamente a fine Ottocento e agli inizi del Novecento, le porte Saracinesca e Codalunga.

Furono realizzate nell’arco di poco meno di un quindicennio, fra il 1517 e il 1530, su progetto di architetti diversi e presentano pertanto caratteristiche diverse, assieme a tratti comuni, come la pianta quadrata e la forma approssimativamente cubica e, per la maggior parte, la struttura delle facciate ad arco trionfale. Tutte le porte erano dotate di ponte levatoio, che poggiava a sua volta su di un ponte, inizialmente in legno, che scavalcava la larga fossa o il fiume. I ponti in legno furono in seguito sostituiti, quasi sempre nel Settecento, da ponti a più archi in pietra e mattoni, che per la maggior parte si conservano ancora, in qualche caso visibili, anche se con le pile parzialmente interrate (Savonarola, S. Giovanni, S. Croce), in altri sotterrati (Pontecorvo, Saracinesca e forse Codalunga). L'unico ancora interamente esposto è quello di porta Ognissanti.

Sulla facciata esterna di tutte le porte, sopra l’arco centrale, era collocato un leone marciano: tutti furono smantellati dai francesi nel 1797, facendoli rovinare nella fossa antistante: quello della porta d’acqua del Castelnuovo è stato in seguito recuperato, sebbene mutilo, e ricollocato al suo posto, quello di porta Santa Croce è conservato al Museo Civico. Quello di porta Savonarola fu rifatto nel 1928, quando, in occasione dell'apertura della breccia a sud della porta, questa fu restaurata, demolendo anche l'ultima arcata del ponte per ricostruire il ponte levatoio, in seguito sostituito da quello attuale, fisso.

- Porta Liviana, o di Pontecorvo, fu così chiamata latinizzando il nome del capitano generale Bartolomeo D’Alviano, morto nel 1515, cui fu dedicata. Fu la prima delle nuove porte ad essere terminata, nel 1517. Pur presentando qualche evidente tentativo di composizione architettonica, questa si limita ad un arco sormontato da un timpano, sostenuto da lesene, che sul lato verso la campagna viene tagliato dai passaggi dei sostegni del ponte levatoio, segno evidente che quella estetica non era la principale preoccupazione dei costruttori in quel momento. E’ attribuita a Sebastiano Mariano da Lugano.

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Porta Santa Croce, quasi contemporanea e attribuita allo stesso architetto, presenta una cura assai maggiore per l’aspetto architettonico delle facciate, la cui parte centrale già si ispira all’arco trionfale classico, inserito in questo caso entro una ulteriore cornice architettonica con alte paraste in stile ionico che fanno da pilastri angolari dell’edificio. Assieme alla successiva porta Ognissanti è quella che si presenta in una posizione più decentrata rispetto all’asse viario naturale (borgo Santa Croce, oggi Corso Vittorio Emanuele).

- Porta Ognissanti, o del Portello (così detta da quando nel 1534 qui fu spostato il porto di Padova in precedenza collocato all’esterno del bastione detto appunto del Portello Vecchio), è inaugurata nel 1519. Rispetto alle precedenti presenta un apparato decorativo più elaborato, specialmente sulla facciata esterna, rivolta verso Venezia, che risulta particolarmente scenografica, con doppie colonne in pietra d'Istria scanalate a tutto tondo e la torretta, con l'orologio e il piccolo padiglione poligonale aggiunti nel 1535. Il ponte settecentesco e il livello del canale, oggi assai più alto che in origine, ne impediscono oggi la visione completa. Più sobria la facciata verso la città, nonostante l’inserimento sopra le porte laterali di elaborati rilievi celebrativi settecenteschi. E' attribuita all’architetto Guglielmo Grizi detto il Bergamasco.

- Porta Codalunga, abbattuta definitivamente nel 1925 dopo essere stata notevolmente ristrutturata nel 1859, era stata realizzata nel 1521. Dalle poche raffigurazioni e da una serie di rilievi effettuati al momento della ristrutturazione ottocentesca appare di disegno decisamente più sobrio, con l'abituale grande arco al centro e le due aperture minori ai lati, ma quasi priva di decorazioni, a parte il leone marciano.

- Porta San Giovanni, del 1528, è la prima delle due progettate dal pittore e architetto Giovanni Maria Falconetto, le uniche quindi che si debbano ad un architetto non militare. Non per caso sono le più compiute dal punto di vista formale e quelle che si rifanno con maggiore coerenza al modello dell’arco trionfale classico tripartito, con colonne sulla facciata esterna e lesene su quella verso città, dove non presenta le due porte pedonali, neppure finte, sostituite da due mensoline. L’interno è quadrato.

- Porta Savonarola, sua quasi gemella, è realizzata due anni più tardi, nel 1530, e si differenzia principalmente per le colonne in pietra d’Istria, quattro all’esterno e due all’interno, il diverso trattamento delle porte pedonali e per l’interno ottagonale che fa pensare all’Odeo Cornaro, che Falconetto stava realizzando negli stessi mesi. Particolarmente eleganti sono i quattro scudi in trachite inseriti tra le colonne, con al centro i busti in pietra d’Istria di divinità pagane.

- Porta Saracinesca, realizzata in data imprecisata, fu demolita nel 1888. Ce ne rimangono buone fotografie, che mostrano una struttura di disegno strettamente funzionale, praticamente priva di decorazione, essendo destinata ad uso militare: dava infatti accesso alla cittadella. Dal fianco della porta si tendeva la catena che regolava il passaggio dei natanti sul fiume.

- Porta del Castelnuovo è una porta d’acqua ricavata nel tratto meridionale del bastione omonimo e risale al 1519. Doveva servire di accesso alla nuova fortezza, mai completata, detta appunto del Castelnuovo. Non fu probabilmente mai usata e venne quasi subito murata. Essendo rivolta verso la Dominante, pur essendo destinata ad uso militare presenta comunque un certa cura dal punto di vista della decorazione architettonica, con gli stipiti diamantati a sostegno della trabeazione sopra l’arco, ed è accompagnata da una postierla pedonale e, poco più distante, da un’altra apertura destinata al passaggio di piccole imbarcazioni, sormontata da un’edicola con la statua di San Prosdocimo.