Secondo un'accreditata scuola di pensiero, il toponimo Agna deriverebbe dal nome dell'antica Via Annia romana. Tuttavia, la sua esistenza viene provata con un primo documento del 950, in cui si fa riferimento ad un’antica via Agna, e con un secondo atto del 970 in cui viene citata Ingheldina honesta puella abitante in castro Agna, che aveva donato case e terreni alla cattedrale di Padova.

AREA SOGGETTA AD INONDAZIONI. Nel 1241 Ezzelino III da Romano, signore di Padova dal 1237 al 1256, organizzò un cruento assalto al castello di Agna, tenuto da Iacopo da Carrara, considerato nemico dell’imperatore. Il castello fu espugnato, Jacopo fu assassinato e negli eventi che seguirono andarono perse le antiche carte di famiglia dei Carraresi. Alla fine del Quattrocento fu assorbita nella repubblica di Venezia e le famiglie dei Papafava e dei Montereale iniziarono una complessa opera di bonifica dell’area soggetta alle inondazioni dei fiumi Gorzone e Adige. Successivamente subì la dominazione austriaca: dopo una prima fase segnata da un’amministrazione sollecita a fornire i servizi necessari alle esigenze della popolazione, a partire dai primi moti indipendendistici del 1848, la situazione si inasprì in misura considerevole in quanto la gestione burocratica divenne uno strumento di rappresaglia. Nel patrimonio storico-architettonico da segnalare sono: la chiesa parrocchiale, dedicata a San Giovanni Battista, in cui sono conservate alcune sculture di Antonio Bonazza risalenti alla prima metà del XVIII secolo, e il municipio che comprende nella sua struttura una casa del Cinquecento ricca di affreschi della stessa epoca.