Il primo documento con informazioni sul "paese" di Favariego, appare in una citazione nel Codice Diplomatico di Andrea Gloria, che parla di un certo "Albricus de Fabrico" citato come testimone nell'anno 1122, mentre la prima indicazione certa sull'esistenza di una chiesa a Favariego ci viene dal testamento di Speronella Dallesmanina deceduta il 2 ottobre 1192 che scrisse:

LA CHIESA. Queste indicazioni portano ad ipotizzare che l'edificio di culto fosse già aperto al pubblico alla morte di Speronella e quindi la sua costruzione originaria fosse antecedente. Gli argomenti a sostegno di quest'ipotesi posso essere vari: Il primo è che la chiesa è stata eretta sui resti di una probabile fortezza romana, edificata dai coloni ivi stanziati a difesa e controllo della zona del Muson; il secondo è che si può supporre, con ragione, che la chiesa fosse originariamente dedicata a S.Michele, infatti negli archivi parrocchiali, in occasione della visita pastorale del 1438, questa risulta dedicata ai SS. Michele e Nicolò, Santi a cui sono altresì dedicate due chiese della Pieve di Sant'Eufemia, San Michele delle Badesse e Sant'Angelo di Sala (Arcangelo Michele). Terzo argomento può essere dato all'uso di nominare l'edificio di Favariego con il termine "chiesa" o "cappella filiale", mai "oratorio", facendo quindi presupporre una sua certa autonomia nei confronti della parrocchia di Sant'Eufemia.

RESTI ROMANI. Si può quindi ipotizzare, secondo le varie argomentazioni, che nel luogo vi fosse un insediamento romano dei signori Faberius, i quali eressero un caposaldo per il controllo del vicino fiume e la difesa dei loro coloni. Con la calata dei Longobardi dal Nord dell'Europa la resistenza degli abitanti deve essere stata forte, in quanto le chiese dedicate a S.Michele, di solito, venivano costruite dagli invasori sopra i resti delle fortificazioni, al fine di integrarsi con le popolazioni vinte. Naturalmente questa tesi andrebbe approfondita con ulteriori studi e scavi, sia per verificarne la fondatezza, sia per smentirla, confermando, se così fosse, quella tesi che vorrebbe far risalire l'edificio attorno all'anno 1000. L'altare originario fu consacrato il 26 settembre 1309 e lo storico Cantele, nelle sue memorie, così ne parla: “L’oratoria di S.Nicolò di Fabrigo (vulgo Favariego) anticamente patrono della Famiglia Da Ponte - Brunella e Dalla Vedova, fu consacrato dal Vescovo Pagano Della Torre, milanese, ed è probabile che un dì servisse da chiesa parrocchiale" confermando quanto supposto dalla lettura del testamento di Dallesmanina, che assegnava i lasciti solo a edifici di culto aperti al pubblico e non a cappelle private.

DIPINTI. Nel 1572 ne è rettore il reverendo signore Luigi Giustiniano, canonico di Padova, che in quell'anno ordina alcuni lavori di manutenzione. 
Nel frattempo, sotto Papa Innocenzo VIII (1484-1492) la chiesa era stata annessa tra le proprietà del seminario patriarcale di Venezia e nei documenti indicata col nome di SS.Michele e Nicolò. E' solo da un documento del 1656 che ci giunge una sommaria descrizione dell'edificio: "Due porte, tre finestrelle tutto all'antica, una campana sola, elevata alquanto sopra il coperto della chiesa. Vi sono sopra il pariete dentro della Chiesa accanto l'altar depinti on'imagini in forma gigantesca, cioè il Salvatore, la B.V. col figlio in braccio, et San Cristofaro, quasi di pari pittura; alla parte destra dell'altare sono anco depinti assai decentemente l'immagini di S.Sebastiano et Roco; la pala d.o Altare è tutta di legno ingessato al color di...(rosa)... bianco nel vedo sopra tavole sono dipinti l'immagini della B.V., S.Nicolò et S.Lucia con decoro decente”. Nello stesso periodo (1500-1700) vari decreti ordinano di celebrare messa la domenica e in alcuni giorni feriali confermando l’uso della chiesa da parte della comunità ivi residente. Le notizie qui si fermano tranne che per la citazione dell’edificio nel Catasto Napoleonico (1808) in cui risulta dedicato a S.Nicolò di Bari e di proprietà del seminario di Venezia.

IN EPOCA RECENTE. Si arriva successivamente all'anno 1948, anno in cui la Chiesetta di S.Nicolò è crollata parzialmente verso il lato sud, tutto il tetto e la parete sud della sacrestia. Dopo alcuni anni di abbandono, nel 1954 un gruppo di volenterosi (Mario Antonello, Luigi Sabbadin , Alessandro Marzaro e Armando Cagnin) sostenuti da tutti gli abitanti di Favariego e S.Eufemia, decisero di ripristinare la Chiesetta; in subordine venne proposto di ricostruire un Capitello su schizzo del geom. Sabbadin con caratteristiche architettoniche simili alla chiesetta originaria a dimensione ridotta (ml. 8,00x4,00) altezza ml. 4,00 più campanili e timpano a Ovest. Dopo vari incontri è stato saggiamente deciso per il ripristino della Chiesetta esistente. Per merito del generoso aiuto degli abitanti e le laboriose prestazioni di mano d'opera gratuita, da parte di numerosi volontari, la Chiesetta di S.Nicolò fu ristrutturata compreso il sopralzo di cm. 80 circa intorno alle pareti Sud, Est e Nord e l'ampliamento della sacrestia. Nell'occasione vennero ricavate due finestre a Sud e due a Nord; già esistevano i due campanili incorporati nella facciata Ovest che si possono far risalire al 1600-1700. Il costo complessivo dei soli materiali e parte di mano d’opera qualificata fu di lire 426.450, dopo di che si ripresero i festeggiamenti di S.Nicolò, al 6 Dicembre, con "la sagra al Cesoeo".  Nell'anno 1964, per interessamento dell'Arciprete Don Antonio Zorzo, la Chiesetta venne restaurata allo scopo di poter celebrare una Santa Messa Domenicale nel periodo invernale, per venire incontro soprattutto alle esigenze degli anziani. Durante questo restauro riapparvero degli affreschi: uno di S.Nicolò e uno in parte raffigurante S.Cristoforo che sembrano risalire al 1300, epoca di consacrazione della Chiesetta.  Vennero altresì riaffrescati gli altri muri con S.Michele, la Natività e il crocefisso (tipo S.Damiano) in legno. Fu pure decorato il soffitto sotto tetto. Nel mese di settembre del 1989 venne costituito un Comitato per il terzo restauro della Chiesetta. L'iniziativa è stata benevolmente incoraggiata dall'Arciprete Don Gioachino Pettenuzzo e orgogliosamente sentita dai Cittadini di S.Eufemia con il motto: Salviamo S.Nicolò, monumento di rilevante valore storico e simbolo della nostra cultura e tradizione popolare. Per il restauro generale venne predisposto un preventivo sommario di spesa pari a lire 66.460.000 (salvo imprevisti). Iniziarono i lavori più urgenti e indispensabili con la prestazione di mano d’opera gratuita da parte di encomiabili e generosi sostenitori dell’iniziativa per il restauro della Chiesetta.

IL COMUNE. Nell'Aprile 2000 il Comune di Borgoricco ha acquistato il terreno, pari a mq. 3.787, su cui insiste l’edificio. Nel mese di Luglio 2009 l’amministrazione comunale di Borgoricco, attuale proprietaria della Chiesetta, ha effettuato il risanamento degli intonaci esterni ed è stata scoperta l’antica muratura proveniente, si dice, dalla demolizione di una vecchia torre, del feudo romano esistente in loco nel 1200. Il 19 Settembre 2009 è stato festeggiato l’anniversario del 7° centenario della Consacrazione della Chiesetta, presente il Vescovo di Padova S.E. Antonio Mattiazzo. Fino ad oggi con vari interventi sono stati realizzati il sagrato esterno e le gradinate, su progetto dell’Arch. Alberto Sabbadin, la nuova illuminazione esterna, la pavimentazione interna, nuovi banchi in legno. Inoltre gli interni sono stati arricchiti dalla generosa offerta delle statue del Sacro Cuore e una Madonna con Bambino.