Il toponimo deriva dalla presenza di un ponte sul fiume Bacchiglione, la cui esistenza è documentata già nel XIII secolo, e dal nome del Santo cui era intitolata la chiesa parrocchiale. Le vicende storiche seguono quelle della vicina città di Padova: nel XIII secolo il ponte, che metteva in comunicazione le due sponde opposte del fiume, fu abbattuto per ordine del podestà per impedire la marcia dei crociati verso Padova. Questo tentativo di difesa non andò a buon fine in quanto i crociati, capitanati dall’arcivescovo di Ravenna, superarono comunque il fiume giungendo a Padova. Nel XIV secolo partecipò alla guerra tra Padova e Cane della Scala ricoprendo un ruolo importante. Dalla fine di quest’ultima fino al XV secolo, quando si trovò coinvolta nella guerra tra Padova e Venezia, la cittadina trascorse degli anni tranquilli. Nel XV secolo tutto il territorio passò, dopo una serie di conquiste, sotto il controllo della Serenissima. La sua storia seguente non mostra avvenimenti di particolare rilievo e segue quella del resto della provincia. Da segnalare l’attiva partecipazione alle due guerre mondiali, durante le quali non riportò danni materiali in quanto non fu colpita da bombardamenti. Fu, invece, colpita da calamità naturali come le due inondazioni della fine del XIX secolo e dell’inizio del XX secolo. Il patrimonio storico-artistico annovera numerose ville, databili al XVIII e al XIX secolo, e casali, costruiti secondo i canoni dell’architettura rurale, padovana. Inoltre, di notevole interesse architettonico è la parrocchiale, costruita in stile gotico-lombardo.

STORIA E ARTE. E' formata dalle frazioni di Rio, Roncaglia e Roncajette. Fu anche porto fluviale dove attraccavano i barconi carichi di sale, di lino, di otri e di scodelle in terracotta (molti cocci di questo vasellame sono stati rinvenuti sul fondale del fiume dai sub dell'Associazione Esus). Tutta la zona a sud di Roncajette, lungo la riva destra del fiume, intorno al 1050 era occupata da una vasta selva chiamata "Ponteglese". Nel 1130 per la prima volta è menzionata la cappella di S. Fidenzio di Roncajette. Essa ha configurazione settecentesca. Vi si trova un interessante polittico del XIV sec. Con Madonna e Santi in dieci comparti, distribuiti su due registri, di un pittore conosciuto come maestro di Roncajette. S. Fidenzio sembra essere stato, secondo una tradizione non certa, un vescovo orientale, forse armeno, martire nei primi tempi cristiani. La devozione a questo santo si diffuse a Padova intorno al 1000 e la diocesi vi volle intitolare le chiese che in quel tempo la fede popolare costruiva nei nuovi centri abitati. Nel 1027 un privilegio dell'imperatore Corrado II concesso ai canonici della cattedrale di Padova fa menzione per la prima volta di "Roncaglia", che nel 1055 è espressamente definita "villa", cioè villaggio. Nel 1171 vi sorge per la cura d'anime una cappella intitolata a S. Basilio, un santo eremita della tradizione greca, venerato soltanto in questo paese della diocesi di Padova. Intanto, già nel 1130 si era sentito bisogno di dedicare una chiesa a San Nicolò, protettore dei naviganti. Questa prima cappella però non sorse nel luogo dell'attuale parrocchiale, bensì sull'altra sponda del fiume. Ponte e paese di S. Nicolò nacquero con tutta probabilità nel periodo tra il 1205 e il 1212: nel 1215 si ha una delle prime notizie di un "porto di S. Nicolò". Ben presto vi sorse anche una chiesa (1291) intitolata alla Vergine: "ecclesia nova Sancte Marie in capite pontis Sancti Nicolai". Essa divenne parrocchiale nel 1452. La chiesa attuale, in stile gotico-lombardo, fu iniziata nel 1898. La lavorazione fu interrotta durante la guerra e ripresa nel 1922; fu consacrata nel 1966, mentre il campanile fu costruito tra il 1946 e il '50.

PERSONAGGI FAMOSI. Rossano Galtarossa (canottiere, medaglia d'oro alle Olimpiadi di Sydney 2000, medaglia d'argento alle Olimpiadi di Pechino 2008, medaglia di bronzo alle Olimpiadi di Barcellona 1992 e alle Olimpiadi di Atene 2004, quarto classificato alle Olimpiadi di Atlanta 1996). Marco Galiazzo (arciere, medaglia d'oro alle Olimpiadi di Atene 2004 e alle Olimpiadi di Londra 2012, medaglia d'argento alle Olimpiadi di Pechino 2008). Mariano Schiavon (ex arbitro e assistente di calcio in Serie A, già sindaco comunale). Paolo Scarso (commerciante, arbitro di pugilato Nazionale F.P.I. 1973, Internazionale E.B.U. 1992 e primo arbitro nella storia di Veneto, Friuli Venezia Giulia e Trentino Alto Adige a raggiungere il livello Mondiale W.B.C. 2002. Medaglia d'oro al valore sportivo C.O.N.I. nel 2003)
Cesare Crescente (avvocato e politico, Sindaco di Padova dal 1947 al 1970). Sebastiano Schiavon (1883-1922), deputato popolare, detto "strapazzasiòri" per le sue battaglie in difesa dei contadini, era nativo di Ponte san Nicolò.