Secondo la tradizione, l'origine di Padova è leggendaria e nobile: sarebbe infatti stata fondata nel 1185 a.C. dalla figura mitologica di Antenore, che risalì il Brenta alla ricerca di una nuova casa dopo la fuga da Troia e scacciò gli Euganei da quest'area, relegandoli a sud, a ridosso dei colli vulcanici che ancora portano il loro nome.

Fonti storiche e ritrovamenti archeologici, ora esposti ai Musei Civici degli Eremitani, affermano che i primi abitanti del Veneto furono gli Euganei o Protoveneti, ai quali seguirono i Paleoveneti e quindi gli attuali Veneti o Eneti, popolazione probabilmente proveniente da una zona settentrionale dell'Asia Minore (ora Turchia) chiamata Paflagonia e, secondo Omero, al fianco dei Troiani nella guerra contro l'Alleanza delle città-stato della Grecia.

I Veneti abitarono stabilmente un'area che corrisponde all'incirca all'attuale Triveneto, anche se c'è chi afferma che i Veneti abitarono una vastissima area che va dal Mare del Nord all'Adriatico. La lingua che si usava era infatti un misto di etrusco, greco e influssi nordici.

Testimonianze archeologiche confermano l'esistenza, intorno al XII secolo a.C., di un insediamento in una zona acquitrinosa formatasi per la presenza del fiume Brenta, per i Latini, "Medoacus". Lo stesso nome romano della città, "Patavium", sarebbe riferibile a Padus, (fiume, acquitrino oppure l'antico nome del fiume Po, un ramo del quale arrivava allora fin qui) e testimonierebbe lo stretto rapporto tra l'insediamento e le acque fluviali, la natura di Padova città d'acque.

Per la sua posizione al centro di una pianura fertile, la vicinanza della già fiorente città di Atheste (l'attuale Este) e la confluenza geografica di vie di comunicazione che uniscono nord e sud, est e ovest, la città diviene presto un grosso centro produttivo e commerciale, famoso per l'allevamento dei cavalli e la lavorazione della lana.

I greci continuavano a spingersi a nord lungo le coste dalmate e a tentare di risalire il Medoacus e nel 302 a.C. il re spartano Cleonimo, giunto quasi in città, fu sconfitto in una memorabile battaglia navale che continuò a venire ricordata per secoli con i giochi e le battaglie che si svolgevano lungo il Piovego, nei pressi di Ponte Sant'Agostino.