Fu fondata nel 1945, i colori sociali, il nero e il verde, sono quelli che la caratterizzano tutt'oggi. Nel 1975 viene innaugurata dall’allora vescovo Bortignon e dal Ministro dell’Interno Gui, la palestra grazie alla quale la società, già molto attiva in ambito regionale, ha l’opportunità di dare ulteriore impulso all’attività del settore giovanile. Forte di una scuola tecnica di alto livello con allenatori giovani ma molto preparati (ricordiamo tra gli altri Parpaiola, Paperini, Carnaccini) la società neroverde miete grandi successi con le squadre giovanili che arrivando più volte alle finali giovanili e lancia i suoi migliori virgulti nel basket professionistico. In quegli anni anche la prima squadra raccoglie risultati prestigiosi arrivando in serie B e confrontandosi con i cugini dal Petrarca per il primato cittadino.

Nel 1985 la fusione con la giovane società del Sarmeola Basket porta ulteriore linfa e sponsor prestigiosi come Interspar, Viero e Fracasso, che contribuiscono a far crescere la Virtus, arrivata nel 1990 a consacrarsi società leader della provincia al termine di un appassionante serie di play-off con finale vinta proprio superando i concittadini dell’Elledi Petrarca e promozione in serie B/1.

Nel 1992 la Virtus si fonde con il Vicenza Basket e al termine di quella stessa annata conquista la serie A sconfiggendo nella finale play-off la Virtus Ragusa. La stagione di serie A inizia male con l’impossibilità di giocare nel piccolo palasport di Vicenza e l’obbligo a disputare le prime gare interne nel palasport di Bassano in attesa dell’allestimento del palatenda nel capoluogo berico. Inesperienza, americani non all’altezza (Burroghs e Carver) e alcune sconfitte di misura portano alla retrocessione e alla fine del sodalizio tra padovani e vicentini. Nel 1994 la Virtus torna a Padova e riparte, con il ds Bernardi che assume la carica di presidente, dal solido settore giovanile allestendo una prima squadra di amatori che si aggiudica il torneo di Prima Divisione. 

Nella stagione 2008-09 la Virtus Padova, sponsorizzata Broetto costruzioni, ha giocato in Serie C Dilettanti,[6] raggiungendo il quarto posto nei playoff di accesso alla categoria superiore. Per la stagione 2009-10 la società ha confermato come allenatore Maurizio Benetollo. Nella stagione 2009-10 la Virtus Padova si è classificata settima dopo una stagione con alti e bassi. Ai play-off si è scontrata con il Ladurner Marghera al primo turno e è stata eliminata dopo un'intensa serie al meglio delle tre gare e per la stagione 2010-11 il presidente ha riconfermato come allenatore Maurizio Benetollo.

Nella stagione 2011-12 la Broetto viene spostata nel girone D che corrisponde alla zona emiliana non incontrando poche difficoltà a causa della differenza di potenziale tra i due gironi. La Virtus non fa un grande stagione con molti alti e bassi, sfiorando molte imprese con le leader di classifica ma mancando partite alla portata. La Virtus arriva a fine campionato giocandosi la dodicesima posizione, utile per non giocare i playoff, e riesce ad avere la meglio su Barone Montealto Forlì e Basket Padova 1931, neo squadra fondata dalla retrocessione della Gattamelata, che saranno costrette a i playout. Dopo sei stagioni consecutive in Serie C, il 24 maggio 2015, la Virtus, dopo essere arrivata terza nel girone C della stagione regolare, vince il girone A della seconda fase del campionato, ottenendo la promozione in Serie B dopo 25 anni.