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Argot, scoperta dell'Ateneo di Padova per abbattere costi e tempi di ricerca

Il nuovo algoritmo è in grado di definire in modo dettagliato la funzione dei geni ed è facilmente utilizzabile da parte dei calcolatori. La squadra di ricercatori appartiene al dipartimento di Medicina molecolare

"Aiuterà gli scienziati ad indirizzare meglio i propri esperimenti di laboratorio, permettendo loro di sviluppare teorie ed ipotesi più mirate e di abbattere così costi e tempi della ricerca". Così il dottor Stefano Toppo spiega in termini concreti i vantaggi del nuovo algoritmo "Argot", messo a punto dal suo team di giovani ricercatori composto dai dottori Enrico Lavezzo e Marco Falda, tutti appartenenti al dipartimento di Medicina molecolare diretto dal professor Giorgio Palù dell'Università di Padova.

LA SCOPERTA. Argot si basa su una complessa infrastruttura bioinformatica che sfrutta dei vocabolari strutturati, chiamati ontologie, in grado di definire in modo dettagliato la funzione dei geni e di essere facilmente utilizzati da parte dei calcolatori. In questo modo è stato possibile sfruttare la potenza dei server attualmente disponibili ed ospitati nei laboratori di proteomica di via Orus a Padova. "L'affinamento di programmi di predizione di funzione di ultima generazione, come Argot - spiega il dottor Toppo - consentirà di acquisire una conoscenza sempre più dettagliata dei meccanismi molecolari dei processi biologici ed aiuterà gli scienziati ad indirizzare meglio i propri esperimenti di laboratorio".

RICERCA PADOVANA AL TOP. Il progetto, realizzato in collaborazione con il dottor Paolo Fontana della fondazione Edmund Mach di San Michele all'Adige, è risultato tra i migliori, a un passo dal primo posto, nella competizione internazionale Cafa (Critical Assessment of Function Annotations) di predizione di funzione a cui hanno partecipato i più affermati e noti gruppi di ricerca mondiali. I risultati, pubblicati di recente nella rivista Nature Methods, sono stati presentati alla conferenza internazionale Ismb (Intelligent Systems for Molecular Biology), tenutasi a Long Beach - Los Angeles nel luglio 2012. Questo riconoscimento pone l'ateneo di Padova ai massimi livelli di competitività internazionale in un'area di ricerca di base che ha importanti ricadute nella comprensione della funzione delle proteine.

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