Il film si svolge subito dopo gli eventi di Avengers: Age of Ultron, con Steve Rogers e gli Avengers costretti ad affrontare i danni collaterali causati dalla loro lotta per proteggere il mondo. Dopo che la città di Lagos, in Nigeria, viene colpita dall'ennesimo incidente internazionale che vede coinvolti gli Avengers, le pressioni politiche chiedono a gran voce un sistema di responsabilità e un consiglio d'amministrazione che decida quando richiedere l'intervento del team. Questa nuova dinamica divide gli Avengers che, al tempo stesso, tentano di proteggere il mondo da un nuovo e malvagio avversario.

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