Un tempo Terranegra era solo un podere del Comune di Padova che aveva assunto tale nome per la presenza di cimiteri di Padova romana. Infatti il toponimo si modificò nel tempo, da Terra Cineraria a Terranigra (terra negra, scura) all'attuale Terranegra.

Nel 1670 il Vescovo Gregorio Barbarigo, accogliendo le richieste dei fedeli di Terranegra, promise di far erigere una chiesa nel quartiere. I lavori di costruzione ebbero inizio il 24 settembre 1673 e furono portati a compimento il 5 giugno 1674.

Durante l’ultimo conflitto mondiale, il giorno 20 aprile 1944, la chiesa, la canonica e il campanile furono colpiti nel bombardamento su Terranegra, riportando varie lesioni che dopo la guerra furono in parte riparate.

Nell’alluvione del 5 novembre 1966, la chiesa e gli edifici annessi furono alluvionati per la rottura del canale Roncajette, e l’acqua deteriorò tutto l’arredamento.

Si poterono salvare le tre "Pale" collocate sull’altare, in seguito restaurate e collocate nel Tempio Nazionale dell’Internato Ignoto, eretto alla memoria degli Italiani morti nei campi di concentramento tedeschi, dove la sede parrocchiale era stata trasferita dal 1955.